מכון המחקר במרכז למורשת הדרוזים בישראל מקיים מחקרים עצמאיים בנושאי היסטוריה, חברה ותרבות דרוזית בישראל ומעבר לה, מקדם את הנושא הדרוזי באוניברסיטאות מחקר בישראל, ופועל להנגשת תוצרים אלה לציבור שוחר הידע בישראל ולחברה הדרוזית בפרט. מכון המחקר פועל בשותפות עם יתר אגפי המרכז למורשת הדרוזים להשגת מטרות אלה מתוך שאיפה להיות מעורב בעיצוב תהליכים חברתיים חשובים הנוגעים למורשת הדרוזים לצד הפעילות האקדמית השוטפת.